Дезертировав из армии весной 1945 года, Ратцингер возвратился к семье в Траунштайн. После пребывания в течение нескольких недель в американском лагере для военнопленных вернулся в семинарию. В 1951 году принял сан, в 1953 году защитил диссертацию по богословию в Мюнхенском университете на тему «Народ и дом Божий в экклезиологии Августина». Вторую диссертацию он посвятил богословию истории у Святого Бонавентуры.

В 1959-1977 гг. преподавал фундаментальное богословие в различных университетах Германии. В 1962-1965 годах в качестве советника-теолога при кардинале Йозефе Фрингусе участвовал в работе Второго Ватиканского Собора. В 1972 году вместе с Х. У. фон Бальтазаром, Анри де Любаком и другими основал богословский католический журнал «Коммунио» ( лат. «Причастие»), посвященный вопросам богословия и культуры.

В мае 1977 года возведен в сан архиепископа Мюнхенского и Фрайзингского, а месяц спустя произведен в кардиналы. В 1981 году назначен на пост префекта Конгрегации вероучения (преемника Святой инквизиции), который и занимал вплоть до смерти папы Иоанна Павла II. 3 декабря 2002 года был избран деканом кардинальской коллегии.

Входил в комиссию Ecclesia Dei, чьей задачей является формирование решений Католической церкви по наиболее актуальным вопросам современности. Точка зрения Ратцингера на протяжении десятилетий понтификата Иоанна Павла II часто становилась официальной позицией Ватикана.

Ратцингером создано немало трудов по богословию: «Введение в христианство», «Конец времени?», «Истина и веротерпимость», «Бог подле нас», «Призванный к причастию», «Бог и мир» и другие.

Ратцингер был главным советником по богословским вопросам папы Иоанна Павла II,  неизменно занимая консервативную позицию. После того, как скончался Иоанн Павел II, 19 апреля 2005 года Ратцингер был избран Папой Римским, приняв имя Бенедикт XVI. Он стал первым папой из Германии почти за 1000 лет.